Mathematica(ver11) と SIRModel による Covid-19 の分析
2020年5月9日(5月19日改定)

最近はコロナのせいで,なんとなく重々しい気分で毎日を過ごしていましたが, ふと思いついて Mathematicaで コロナの分析をして見る事にしました.データの分析などやった事がなかったのですが,やって見るといろいろ面白く,いやな気分を忘れさせてくれました.そればかりかコロナに対する恐怖も減った気がします.やはり,山道を車で飛ばす時, 助手席に座っていると怖いですが, 運転席に入れば怖くないのと一緒でしょうか?SIR理論を勉強しても運転席に座っているような全能感はないですが,次のカーブが何処にあるか ぐらいの感じはつかめました.しかし,このページを立ち上げるまでプログラムを続けられた一番の理由は「Mathematicaの新しい使い方が面白くていつの間にか作ってた」というのが 真実です.ついでに GeoGebra によるプログラムも一つ作りました.(とても簡単に作れます.)
nb(notebook)ファイルは Mathematica をお持ちの方用です.cdfファイルは cdf player (無料) をダウンロードすれば見えます.少し面倒ですが,cdfファイルは pdf と違い インタラクティブ(interactive) に操作することができます.ただ cdf playerは Mathematica と比べると実行速度はかなり遅いですから,Mathematicaをお持ちの方は notebook をダウンロードして下さい.

コロナ (Covid19) のデータは GitHub から Johns Hopkins 大学のデータと ogiwaraさんの編集されたデータをダウンロードしました.詳しく言うと

世界各国のデータは https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19/tree/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series から 「time_series*.csv」 を,  

日本の県別データは https://github.com/kaz-ogiwara/covid19/find/master から data/prefectures.csv を取ってきました.

さらに世界の人口は https://github.com/datasets/population/tree/master/dataからhttps://raw.githubusercontent.com/datasets/population/master/data/population.csv を やはり GitHub から取ってきました.

どちらのサイトも閲覧者向けに整形されていますが 「raw ボタン」を押すと csv のアドレスが手に入ります.こう書くと簡単ですが,慣れていなかったので csv を手に入れるには,半日ぐらいgoogleしました.普通のコロナサイトの影に隠れてしまってなかなか見つからないのです.(いい病院を探そうとしても宣伝に隠れて見つからないのも同じですね.) その上初めのうちは Mathematica の Wolfram のサイトにしばらく引っかかっていました.ほぼひと月前から作り始めたのですが,最初は良かったです.DownLoad しやすくて良いと思っていました.しかし何日経っても更新されません.結局5月9日現在でも 「最新データ」が4月14日付けです.ひと月前の Covid19の情報など誰が見るのでしょう? 冗談としか思えません.それに気づいてまた一からやり直すことになりました.Mathematicaは好きですが,country data などの社会情報シリーズは更新されません. GDPなども7年ぐらい前の情報です.その上 ご丁寧にも YouTubeで「Covid19のサイトを立ち上げたよ.Mathematicaで様々なグラフを描けるよ」という宣伝をしていました.そんな宣伝をするなら,ちゃんとupdateして欲しいと思います.しないなら最初から作らないで欲しいです.時間を相当無駄にしました.^ ^;

なお,筆者は,単なる数学愛好家でMathematicaや伝染病の専門家ではありません.批判的に読んで下さい.他にも Rを求めているサイトがあるので 値や方法を比べてみるのも面白いかも知れません.

[ 内容 ] [ notebook & cdf ] [ pdf ]
1.γの不思議を見る part1.nb
part1.cdf
part1.pdf
2.R を求める(γの呪いを越えて) part2.nb
part2.cdf
part2.pdf
3.微分方程式を使って 未来を見る part3.nb
part3.cdf
part3.pdf
[番外編] Rtのグラフ (&流行曲線. 説明無し) Rt only.nb
Rt only.cdf

[おまけ」 Geogebra によるSIRmodel


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